La relación entre las universidades regionales y las capacidades de los funcionarios de gobiernos subnacionales en ámbitos amazónicos es un asunto poco explorado en Perú y Colombia. Su abordaje y discusión podría llevar a cambios interesantes en el desarrollo y la gobernanza ambiental a nivel local. En ese marco, el presente documento busca comprender desde un enfoque cualitativo el vínculo entre la universidad y las capacidades locales del Estado, dentro de un contexto de descentralización asimétrica y deforestación de la Amazonía en ambos países. El trabajo se enfoca en dos departamentos amazónicos: San Martín en Perú y Caquetá en Colombia, permitiendo un acercamiento comparativo de las dinámicas que se tejen entre estas instancias a nivel regional. Se encuentra que la idea sobre las limitadas capacidades de los funcionarios subnacionales es una trampa que esconde problemas estructurales de centralismo y exclusión. Además, la falta de visibilidad de la relación entre la universidad regional y el gobierno subnacional impide utilizar la experiencia generada por ambas partes para producir evidencia útil en la toma de decisiones, la gobernanza ambiental y el desarrollo local.